R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.

When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

summary(cars)
##      speed           dist       
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
##  Median :15.0   Median : 36.00  
##  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
##  Max.   :25.0   Max.   :120.00

Including Plots

You can also embed plots, for example:

Note that the echo = FALSE parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

Base para gerar nosso documento:

Relembrando que:

  1. YAML
  1. Chuncks
  1. Markdown
  1. CheatSheets (links)

Opções básicas:

  1. markdown
  1. Chunks
Ainda, Podemos Inserir figuras em nosso documento:
-> Direto de algum site / repositório;
  -![legenda](link)
-> Figura da pasta em que estamos trabalhando;
  -knitr::inlude_grphics(link)
  

Figura de uma pasta de trabalho:

knitr::include_graphics("fig_mark1.png")
Figura Rmarkdown

Figura Rmarkdown

Chunk: Código em R

  • Podemos incluir os chuncks com o comando “Ctrl + Alt + I”

Ajustes gerais do chunk

Podemos setar esses parametros do chunk de maneira geral

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning = FALSE, message = FALSE)

Usando o exemplo acima:

#CARREGANDO O(S) PACOTE(S)
library(tidyverse)
library(palmerpenguins)

#Carregando os dados:
data("penguins")

#Lendo os dados:
head(penguins)
## # A tibble: 6 × 8
##   species island    bill_length_mm bill_depth_mm flipper_length_mm body_mass_g
##   <fct>   <fct>              <dbl>         <dbl>             <int>       <int>
## 1 Adelie  Torgersen           39.1          18.7               181        3750
## 2 Adelie  Torgersen           39.5          17.4               186        3800
## 3 Adelie  Torgersen           40.3          18                 195        3250
## 4 Adelie  Torgersen           NA            NA                  NA          NA
## 5 Adelie  Torgersen           36.7          19.3               193        3450
## 6 Adelie  Torgersen           39.3          20.6               190        3650
## # ℹ 2 more variables: sex <fct>, year <int>
# calcula a média
media_massa_g <-
  mean(penguins$body_mass_g, na.rm = TRUE) 

 # converte de gramas para kilogramas
media_massa_kg_completo <-
  media_massa_g / 1000 

 # arredonda o valor para ter uma casa decimal
media_massa_kg <- round(media_massa_kg_completo, 1)

 # exibe o resultado
media_massa_kg 
## [1] 4.2
  • Veja que nossos resultados foram apresentados em um verbatim separado

Gerar uma tabela para resumir meus dados:

media_massa <- penguins %>% # usamos a base de pinguins
  # agrupamos por especies, ilhas, sexo e ano
  dplyr::group_by(species, island ,sex, year) %>%  
  # calculamos a média da massa corporal 
  dplyr::summarise(media_massa = mean(body_mass_g, na.rm = TRUE)) %>% 
  # criamos uma nova coluna, com a massa em kg, e arredondada com 2 casas decimais
  dplyr::mutate(media_massa_kg = round(media_massa / 1000, 2)) %>%  
  # removemos a coluna da massa em gramas
  dplyr::select(-media_massa)

# Apresentamos o resultado da tabela:
media_massa
## # A tibble: 35 × 5
## # Groups:   species, island, sex [13]
##    species island sex     year media_massa_kg
##    <fct>   <fct>  <fct>  <int>          <dbl>
##  1 Adelie  Biscoe female  2007           3.47
##  2 Adelie  Biscoe female  2008           3.24
##  3 Adelie  Biscoe female  2009           3.45
##  4 Adelie  Biscoe male    2007           3.77
##  5 Adelie  Biscoe male    2008           4.01
##  6 Adelie  Biscoe male    2009           4.27
##  7 Adelie  Dream  female  2007           3.27
##  8 Adelie  Dream  female  2008           3.41
##  9 Adelie  Dream  female  2009           3.36
## 10 Adelie  Dream  male    2007           4.1 
## # ℹ 25 more rows
#Utilizando o pacote knitr: função kable()
media_massa %>%
  knitr::kable(align = "c",
               caption = "<center><strong> Tabela 1. Massa média de Palmer ")
Table:

Tabela 1. Massa média de Palmer

species island sex year media_massa_kg
Adelie Biscoe female 2007 3.47
Adelie Biscoe female 2008 3.24
Adelie Biscoe female 2009 3.45
Adelie Biscoe male 2007 3.77
Adelie Biscoe male 2008 4.01
Adelie Biscoe male 2009 4.27
Adelie Dream female 2007 3.27
Adelie Dream female 2008 3.41
Adelie Dream female 2009 3.36
Adelie Dream male 2007 4.10
Adelie Dream male 2008 4.10
Adelie Dream male 2009 3.94
Adelie Dream NA 2007 2.98
Adelie Torgersen female 2007 3.48
Adelie Torgersen female 2008 3.52
Adelie Torgersen female 2009 3.19
Adelie Torgersen male 2007 4.14
Adelie Torgersen male 2008 4.19
Adelie Torgersen male 2009 3.78
Adelie Torgersen NA 2007 3.68
Chinstrap Dream female 2007 3.57
Chinstrap Dream female 2008 3.47
Chinstrap Dream female 2009 3.52
Chinstrap Dream male 2007 3.82
Chinstrap Dream male 2008 4.13
Chinstrap Dream male 2009 3.93
Gentoo Biscoe female 2007 4.62
Gentoo Biscoe female 2008 4.63
Gentoo Biscoe female 2009 4.79
Gentoo Biscoe male 2007 5.55
Gentoo Biscoe male 2008 5.41
Gentoo Biscoe male 2009 5.51
Gentoo Biscoe NA 2007 4.10
Gentoo Biscoe NA 2008 4.65
Gentoo Biscoe NA 2009 4.80
#Tabela interativa:
media_massa %>%
  DT::datatable()

Tabelas podem ser escritas diretamente no markdown

Right Left Default Center
12 12 12 12
123 123 123 123
1 1 1 1

Veja que a segunda linha definiu a posição dos elementos na tabela.

— Vamos ver um exemplo de relatório com a nossa rotina da aual de ggplot —

Bico de penguins: relação entre comprimento e espessura depende da espécie

Descrição dos dados:

  • Este conjunto de dados contêm informações sobre 344 pinguins, de 3 espécies diferentes, coletadas de 3 ilhas no Arquipélago Palmer, na Antártica.

  • O conjunto de dados abarca medições do tamanho e espessura dos bicos em mm, massa corporal em grama e tamanho das nadadeira em mm.

#Carregando os dados:
data("penguins")

#Resumo dos dados:
str(penguins)
## tibble [344 × 8] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
##  $ species          : Factor w/ 3 levels "Adelie","Chinstrap",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
##  $ island           : Factor w/ 3 levels "Biscoe","Dream",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
##  $ bill_length_mm   : num [1:344] 39.1 39.5 40.3 NA 36.7 39.3 38.9 39.2 34.1 42 ...
##  $ bill_depth_mm    : num [1:344] 18.7 17.4 18 NA 19.3 20.6 17.8 19.6 18.1 20.2 ...
##  $ flipper_length_mm: int [1:344] 181 186 195 NA 193 190 181 195 193 190 ...
##  $ body_mass_g      : int [1:344] 3750 3800 3250 NA 3450 3650 3625 4675 3475 4250 ...
##  $ sex              : Factor w/ 2 levels "female","male": 2 1 1 NA 1 2 1 2 NA NA ...
##  $ year             : int [1:344] 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 2007 ...
#Removendo 'NAs'
penguins_clean<-na.omit(penguins)

Verificando a relação entre comprimento e espessura dos bicos:

Penguins

Penguins

1.Para todo o gênero

## 
## Call:
## lm(formula = penguins_clean$bill_length_mm ~ penguins_clean$bill_depth_mm)
## 
## Residuals:
##      Min       1Q   Median       3Q      Max 
## -12.9498  -3.9530  -0.3657   3.7327  15.5025 
## 
## Coefficients:
##                              Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
## (Intercept)                   54.8909     2.5673  21.380  < 2e-16 ***
## penguins_clean$bill_depth_mm  -0.6349     0.1486  -4.273 2.53e-05 ***
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 5.332 on 331 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.05227,    Adjusted R-squared:  0.04941 
## F-statistic: 18.26 on 1 and 331 DF,  p-value: 2.528e-05
Fig.1 Relação entre comprimento e espessura dos bicos

Fig.1 Relação entre comprimento e espessura dos bicos

  • Encontramos um relação negativa entre as variáveis. Ou seja, nesse caso quanto mais comprido o bico, menor a sua espessura.

2.Para cada espécie:

## 
## Call:
## lm(formula = bill_depth_mm ~ bill_length_mm * species, data = na.omit(penguins))
## 
## Residuals:
##     Min      1Q  Median      3Q     Max 
## -2.6574 -0.6559 -0.0483  0.5203  3.4990 
## 
## Coefficients:
##                                 Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
## (Intercept)                     11.48771    1.15987   9.904  < 2e-16 ***
## bill_length_mm                   0.17668    0.02981   5.928 7.79e-09 ***
## speciesChinstrap                -3.91857    2.06731  -1.895   0.0589 .  
## speciesGentoo                   -6.36675    1.77990  -3.577   0.0004 ***
## bill_length_mm:speciesChinstrap  0.04553    0.04594   0.991   0.3224    
## bill_length_mm:speciesGentoo     0.03093    0.04112   0.752   0.4525    
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 0.9556 on 327 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.7681, Adjusted R-squared:  0.7645 
## F-statistic: 216.6 on 5 and 327 DF,  p-value: < 2.2e-16
 Fig.2 Relação entre comprimento e espessura dos bicos por espécies

Fig.2 Relação entre comprimento e espessura dos bicos por espécies

  • Nossos resultados indicam que a relação entre espessura e comprimento dos bicos depende da espécie e é inversa aquela encontrada para o gênero como um todo.
Bora costurar

Bora costurar